3人以下の株主によって、株式の50％超を保有されている会社を
同族会社といいます。少数の特定株主によって支配されている多くの
中小企業は、同族会社になります。
同族会社では、身内の人やその関係者が50％超の株を持っていると、
その会社を独断で経営することができます。そうなると、他の株主や
経営者からのチェックがかかりにくくなるため、普通の会社では当然
行われない行為や、度を越した節税が行われる可能性があります。
そのため、それを規制するために、同族会社には下記の3つの特別な
規定が定められています。

1、「同族会社の行為、計算の否認」
法人税の負担を不当に減少させていると認められる行為がある時は、
税務署長がその行為、計算を否認することができる。

2、「留保金課税」
会社が配当金などの支払いを抑制し、一定限度を超えて所得を留保した
場合に税額が加算されます。

3、「役員についての取り扱い」
同族会社の一定の従業員は、法人税法上は役員に含められません。
また、同族会社の一定の役員は、使用人兼務役員になることはできません。


平成18年度法人税制の改正で、同族会社の留保金課税制度の改正されました。
留保金課税の対象となる同族会社について、３株主グループから１株主
グループによる判定へと緩和するほか、留保控除額を引き上げる等抜本的な
見直しがされています。

下記のリンクより、同族会社の留保金課税制度の改正を確認してみましょう。
↓
http://www.mof.go.jp/jouhou/syuzei/zeisei06/html/contents/02/index.html#02e